上述熟悉鄭筱萸的人士表示，這一階段是國家藥監局人事變動最大的一次，鄭筱萸首先把此時已經是心腹的曹文莊從國家醫藥管理局勞動人事司司長，調來做藥監局人事司司長，這使得鄭筱萸在機構調整過渡期間就已經掌握了人事權力。
經過這次人事變動，藥監局系統內，幾乎所有的重要部門，都安插了他的人，其在藥監系統內部的浙江班子也已經基本形成。
2002年以后，鄭筱萸開始了最后一階段的人事安排。上述人士說，從2002年開始，鄭筱萸逐漸在為退休鋪路。
2002年之后，幾乎所有重要的部門，例如藥品注冊司、醫療器械司一把手都已經由鄭筱萸的親信曹文莊、郝和平等人掌握，“他也基本把整個醫藥系統控制住了。”
上述知情人士說，2005年以后，鄭筱萸在退休前夕，只要是考慮好了，就硬換。鄭筱萸的原秘書、之前因為郝和平的案發受到牽連而降職賦閑的高某，就是在鄭筱萸在退休之前被鄭強行安排，恢復了副司長原職。
鄭筱萸過去的同事形容他，是比較喜歡聽好話的一個人，但是做事情霸道，什么事都喜歡一個人說了算，并且說干就干。
案發企業賄賂
在鄭筱萸退休之前的最后一步棋中，他已經把曹文莊作為其退休后的最佳接班人選，準備先培養成為副局長，這在當時已經成了藥監局里公開的秘密，因為此時鄭筱萸已經將曹文莊在2001、2002年，先后兩次送到黨校去學習，并且凡事都很重用曹文莊。
鄭筱萸的一位好友稱，曹文莊是鄭筱萸在國家藥監局當政時期最大的心腹，兩人互相利用，謀求各自的利益，但曹文莊比鄭筱萸要更有城府。鄭筱萸性格比較急躁，但做事情有一股子“江湖義氣”。鄭筱萸更多是被曹文莊利用了。
然而由于2004年開始，曹文莊進入了前所未有的危機時期，各方都在反映其問題，最終鄭筱萸與曹文莊都沒有如愿。這些問題也主要集中“新藥批文”和企業賄賂上，此外，還有曹文莊的個人丑聞也在藥監局傳開。
2004年7月28日，原吉林省藥監局副局長于慶香被逮捕(已經判刑15年)，該局注冊處副處長陶立軍也已于2005年5月被判刑12年，由于這兩個人所牽涉的藥品注冊審批問題，以及相關企業的舉報，有關于曹文莊的經濟問題開始不斷受到質疑。
雖然在此期間，鄭筱萸一直在替曹文莊解釋，但在多方的壓力下，鄭筱萸不得不決定讓曹文莊到遼寧省做省局局長。可曹文莊一直不同意，因此僵持了一段時間，直到他東窗事發，2006年1月12日，曹文莊被捕。
一位資深醫藥行業人士透露，最早牽出曹文莊，并且牽連鄭筱萸的藥企并不是康力元，而是“吉林威威”。2000年，河南籍商人魏濤在吉林梅河口收購了原吉林威威藥業，并且數易其名。該企業也是目前查出的行賄金額最大，牽涉官員最多的企業。
在國家藥監局的整頓風暴中，吉林威威的快速審批先將原吉林省藥監局副局長余慶祥，注冊處陶立軍的腐敗案牽扯出來，兩者前后落馬，國家更在進一步調查中扯出了曹文莊、王國榮、盧愛英等人，成為涉嫌鄭筱萸窩案的又一個關鍵企業。
據權威人士最新消息透露，魏濤在去年10月悄悄回國之時，一進海關便已被檢察機關順利逮捕。
前述權威人士說，在已經查明的價值550萬元的受賄財物中，絕大部分都來源于企業行賄。鄭筱萸利用職權，為這些醫藥企業謀取非法利益。
此外，與鄭筱萸一家關系最為緊密的企業，莫過于浙江康力元集團。記者獲知，去年11月1日，康力元集團總裁湯旭東于開會途中在機場被直接“逮捕”。這成了之后12月26日，鄭筱萸被宣布“雙規”的導火索。該公司董事長湯曉東也已經于今年春節前被捕。
“喜歡結團”
曹文莊與企業間的“交易”，多是通過一個中間人完成的，這個人就是他自參加工作就相識，一直“患難與共”的劉玉輝。
2005年11月，中國藥學會咨詢部處長劉玉輝被公安機關逮捕，他同時也持有白云山醫藥科技400萬注冊資本中49%的股權。
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