馬英九因特別費案遭貪污罪嫌起訴，成為參選2008提名后的絆腳石。國民黨黨章研修小組經研商后，確定要透過修改“排黑條款”替馬解套。將原先黨章規定一審有罪判決不得參選，大幅放寬為“經法院判決有罪確定者”才不得參選。
據臺灣《中國時報》報道，據黨章研修小組成員表示，這項修改極為敏感深怕影響社會觀感，不少黨內人士建議，應維持原條文一審有罪認定，以增訂但書條文方式解套，也就是：如遇“政治迫害”，以召開“全代會”方式進行補救。
不過，據了解，黨內仍以持直接放寬“排黑條款”的意見較多。但為顧及輿論聲浪，放寬“排黑條款”后也增列“黨員觸犯列舉之罪，在未經法院判決有罪確定前，如經廉能委員會或中央考紀會認定有害社會公義、有損本黨聲譽者，得撤銷其參選資格。”
黨章研修小組成員認為，原本“排黑條款”的目的在樹立清廉改革形象，與黑金畫清界線；但現階段卻成為民進黨政府利用司法，打壓國民黨的最佳工具，黨內不能不防。
