中新網2月9日電 臺灣檢方于2006年11月3日偵結“機要費”案，檢方依貪瀆與偽造文書等罪將吳淑珍、馬永成、林德訓、陳鎮慧等4人起訴；臺北地方法院11月15日分案由審判長蔡守訓、受命法官徐千惠及陪席法官吳定亞組成合議庭。
第一次開庭：
臺北“地方法院”2006年12月15日上午首次開庭審理“國務機要費”案，陳水扁妻子吳淑珍等多人出庭應訊。吳淑珍沒有回答在場記者詢問的有關案情問題直接進入法庭。庭訊從9時30分開始。11時合議庭宣布休息十分鐘。吳淑珍被隨扈與醫護人員帶到隔壁第八法庭休息。不久吳淑珍身體不適昏倒，醫護人員迅速將她送往臺大醫院。合議庭在休息時間結束后，未受吳淑珍送醫影響而繼續開庭，庭訊到下午1時暫時結束休息，并于下午2時30分繼續進行庭訊，4時25分休庭。吳淑珍在臺大醫院未能出庭。
第二次開庭：
臺北地方法院2006年12月22日第二次開庭審理“國務機要費”案，吳淑珍請假未出庭。9時30分該案開庭。審判長蔡守訓首先表明，被告辯護律師主張的“違憲”、應聲請“釋憲”等理由無法說服合議庭，因而裁定續審，不得抗告。此后，檢辯雙方圍繞證據、程序等問題展開激烈攻防。被告律師稱無意拖延此案審理，但需要時間詳閱卷宗和證物后再對證據能力做出說明。
中午，臺北“地檢署”公訴檢察官張熙懷向合議庭聲請保全證據，請求合議庭與檢察官、被告與所有辯護人即刻到“總統府”調閱、扣押相關資料。合議庭經評議后，駁回檢方聲請，但表示法院將依規定，函請“總統府”將相關卷證于12月27日中午12時以前函復法院。
審判長蔡守訓在下午2時20分許宣布，將于12月29日上午9時30分再度召開準備程序庭，并請律師轉告吳淑珍應在身體狀況許可下出庭。下次開庭的主要內容，將針對該案的三大卷宗內容是否為“機密”進行討論。
第三次開庭：
“國務機要費”案2006年12月29日第三次在臺北“地方”法院開庭。被告陳水扁夫人吳淑珍再度請假，遭部分政客刻意“抹紅”的公訴檢察官張熙懷也未蒞庭。
庭上攻防仍然激烈。公訴檢察官主張“機要費”案中的六項“秘密外交工作”并非機密，再度向合議庭聲請保全證據，即刻到“總統府”調閱、扣押相關事實資料。審判長蔡守訓認為，檢方所需資料，只要再請函復即可，決定駁回檢方聲請。
合議庭決定2007年1月12日再開庭，并請律師轉達吳淑珍若身體許可，應該出庭應訊。此外，合議庭法官裁定3日上午9時30分，在臺北地院第五法庭讓辯護律師核對全案的發票影本，當天若核對不完，隔天繼續進行。
第四次開庭：
針對“國務機要費”案，臺北“地方法院”2007年1月12日第四次召開準備程序庭。庭上，檢、辯雙方圍繞兩焦點展開攻防：一是能否調閱陳水扁夫人吳淑珍的病歷，二是相關文件是否是“機密”。
對于吳淑珍第三次請假未出庭，公訴檢察官張熙懷請求合議庭調閱自2006年7月1日起吳淑珍在臺大醫院的就診紀錄及病歷、護理資料。辯方律師顧立雄則表示，合議庭若調閱吳淑珍病歷等資料，將涉及侵犯個人隱私權；吳淑珍出庭若有風險，將由審判長自行承擔。
對于陳水扁應檢方訊問時指稱的“機密文件”是不是“機密”，公訴檢察官林達引用三包卷宗資料，陳述并非“機密”，遭辯護律師團抗議。張熙懷則主張，為加速本案審理進度，秉持前兩次聲請保全證據的原則，建請臺北地方法院傳喚現任及近五年歷任“總統府”秘書長等人到庭說明。
經合議庭評議，決議19日再度開庭時，傳喚“總統府”第二局局長等四人到庭作證，至于秘書長等人員，則另外再作決定。
第五次開庭：
臺北“地方法院”2007年1月19日第五度對“國務機要費”案召開準備程序庭，扁妻吳淑珍仍請假不出庭，“總統府”秘書長陳唐山等5名證人也均向法院請假。庭訊重點仍集中在陳水扁所提六項“秘密外交”工作是否為所謂“國家機密保護法”所規定的“國家機密”。
合議庭裁定“國務機要費”中的六項“外交”工作并非“國家機密”，并諭知于1月23日對爭議三包卷宗開放閱卷，并以最速件函詢陳水扁，若陳水扁對開放閱卷有不同意見，必須在22日中午以前回復。
審判長蔡守訓在駁回律師請求“釋憲”聲請后，要求律師不得再隨便發言，蔡守訓諭知將于2月2日再度開庭。
第六次開庭：
2007年2月2日，“國務機要費”案再開庭，陳水扁夫人吳淑珍五度請假。公訴檢察官林達表示，下次再次開庭時很需要吳淑珍到庭；若吳淑珍下次再不出庭，希望法院采納檢方的主張，調取病歷了解吳淑珍可否出庭的客觀情況。
被告律師團質疑合議庭勘驗發票的過程不符合相關規定。但合議庭則認為，勘驗程序主要是確認發票是否具有證據能力，并非實質審理，因此裁定繼續勘驗，并將于2月9日再度開庭。
當日的庭訊主要對于“國務機要費”被查扣的2000多張發票進行勘驗程序，并核對正本與律師所調閱的復印件是否相符。
律師楊芳婉與李勝琛表示，陳水扁已在1月25日向“司法院大法官會議”聲請“釋憲”，為“避免浪費司法資源”及泄漏“國家機密”，希望合議庭停止審理，但審判長蔡守訓表示，合議庭對此早已作出裁定，全案將繼續審理。
