由于特殊的歷史發展過程，臺灣地區仍然沿用舊有的注音字母。平心而論，注音字母在注音識字教育過程中曾經發揮過積極的作用。但是，注音字母不是音素文字系統，只能作為漢字的注音符號，不能用做漢語的拼寫體系，加上當初設計時的許多缺陷，注音符號已經不能適應臺灣文化和經濟、社會發展的實際需要，需采用一種新的注音或拼寫系統。
祖國大陸的《漢語拼音方案》顯然就是很好的選擇對象，它充分考慮了漢語的特點，又盡量與國際接軌。1982年，國際標準化組織規定拼寫漢語以漢語拼音為國際標準。當然，最主要的是，漢語拼音經過歲月的考驗，已經較為圓滿成熟。
但是，島內偏偏有那么一些人，出于某種政治目的，不愿采用《漢語拼音方案》，一直沿用注音符號。后來，臺灣當局炮制了一個所謂的《通用拼音方案》，并于2002年由臺“教育部”宣布使用。這個通用拼音系統雖然只是對《漢語拼音方案》略加改動，但是卻與漢語拼音大相徑庭。同樣一個人名，同樣一個地名，漢語拼音和所謂的“通用拼音”可以完全不一樣，更不用說其他差異了。比如，臺北市的木柵地區，“木柵”的拼音，漢語拼音是Muzha，但是通用拼音則是Mujha，雖然只差一個字母，但是卻相去甚遠。再比如臺北市區著名的“忠孝東路”的“忠孝”，漢語拼音為Zhongxiao，通用拼音則是Jhongsiao，差別更大。
所以，“通用拼音”一面世，便受到島內的批評和抵制。島內輿論認為，“‘通用拼音’一點也不通用”，根本無法和國際接軌。臺灣作家龍應臺詰問，“如此一來，臺灣將自外于世界文化。從政治封鎖到文化封鎖，臺灣要用什么面對未來？”在臺灣的外國人也一邊倒贊成采用漢語拼音，反對另搞“通用拼音”。美國商會前主席韋杰夫以微軟視窗依靠開放的相容性，在占有率上遠超別家為例，說明“如果臺灣2300萬人堅持不用多少億人使用的漢語拼音，實在太像井底之蛙”。
面對各方質疑，時任“教育部長”的黃榮村只好在記者會上打馬虎眼，說什么“通用拼音”不會強制執行，為了尊重各個族群，不會采取“一統天下”、“車同軌、書同文”那一套。話雖這么說，但在實際操作上，臺當局規定采用“通用拼音”的縣市，可以申請巨額補助，采用漢語拼音的則沒有政策優惠。盡管這樣，還是有一些眼光長遠的縣市選擇了漢語拼音系統。比如臺北市就在2003年正式敲定中文譯音的原則，各個機關、學校、景點以及其他名稱標示譯音采用漢語拼音。格式以聯合國標準為原則，采取名稱連寫、第一字母大寫、其余字母小寫的方式。至于一些約定俗成的特定詞等，可以繼續使用舊有譯音。
有關拼音系統的取舍，在島內已經爭議良久。政治外力的干擾，使得原本屬于語言文化范疇的爭議，儼然成為一場曠日持久的政治角力。此次臺灣當局意欲徹底棄用漢語拼音，再次遭到島內輿論的質疑。有識之士認為，臺灣地區放棄大多數國家采用的漢語拼音，是自斷臺灣中文文化發展的后路。國親兩黨也猛批民進黨當局“政治壓過專業、意識形態打倒實用”。島內民眾認為，臺灣當局政治掛帥下犧牲的是學生的利益，因為通用拼音根本就出不了島。有位臺灣學生說，如果不會漢語拼音，對于我們這些學生的深造可是件麻煩事。這位學生說，我打算去俄羅斯留學，所以正在學俄文，我和很多朋友使用的都是中國大陸生產的俄漢電子辭典。但每當我用中文查俄文單詞時就非常頭疼，因為中文輸入必須用漢語拼音，由于根本沒有學過漢語拼音，因此每次都只能猜著輸入。
對于當局準備在年底前把全部地名統一采用“通用拼音”為基準，臺北市長郝龍斌表示，為了要和國際接軌，臺北市決定仍采用漢語拼音，因為漢語拼音是國際普遍使用的拼法。他表示，“內政部”如果要達致全島統一，最好尊重一下專業，事前討教島內的語言專家。(孫立極）
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