(二)實施階段(2007年1月-6月)。
1.中央各部門(單位)自查，資產清查結果經社會中介機構審計后，根據《行政事業單位資產清查暫行辦法》(財辦[2006]52號)第十一條、第十五條的規定，將有關資料于2007年5月31日前報送財政部。
2007年6月，財政部對中央部門(單位)資產清查結果進行分析匯總，并形成資產管理信息數據庫，為2008年及以后年度預算編制提供支撐。
2.各省(自治區、直轄市、計劃單列市)于2007年6月30日前將本地區資產清查統計表匯總報送財政部。
(三)總結階段(2007年7月)。
1.財政部對全國資產清查工作進行總結、表彰。
2.財政部將根據資產清查結果，完善相關資產管理制度；部門和地方要根據各自實際情況，完善具體的實施辦法。
五、組織機構
為切實加強領導，保證資產清查工作順利進行，財政部將成立“全國行政事業單位資產清查工作小組”，統一領導全國行政事業單位資產清查工作，并組織開展中央級資產清查工作。工作小組下設辦公室，具體負責組織開展資產清查工作。
地方各級財政部門(或財政部門會同相關部門)成立資產清查工作小組和辦公室，負責本地區資產清查工作的組織和實施。具體組織機構和職責，按照分級負責的原則自行確定。
主管部門和單位要建立健全由資產、財務、紀檢、人事、基建、后勤等相關部門組成的資產清查組織和工作機構，負責領導和實施本單位的資產清查工作。主管部門應當將組織機構情況報同級財政部門備案。
六、經費保障
按照現行財政體制，除財政部統一配發資產清查軟件、資料等外，各級財政分別負擔本級行政事業單位資產清查工作所需經費，并列入本級財政預算予以保障。資產清查專項審計費用，按照“誰委托，誰付費”的原則，由委托方承擔。參與中央級行政事業單位資產清查專項審計工作的社會中介機構所需費用，由財政部統一支付。
七、工作要求
(一)加強領導。各部門、各地方要加強資產清查工作的組織領導，部門(單位)內部應當分工明確、落實到人，配備強有力的領導班子，有關負責人應當切實履行管理責任，保證資產清查結果真實可靠，確保資產清查工作按時完成。
(二)精心組織。各部門、各單位要做好動員、培訓工作，認真學習相關文件，并結合本部門本單位實際制定資產清查的具體實施方案，保證工作順利完成。
(三)嚴肅紀律。各部門、各行政事業單位應當堅持實事求是的原則，如實反映資產管理情況和存在問題，不得瞞報虛報，不得干預社會中介機構依法執業。社會中介機構應當客觀公正地出具專項審計報告等鑒證材料，嚴格履行保密義務。對于資產清查工作中出現的違紀違法行為，按照相關法律法規處理。
(四)工作督導。各部門、各地方要加強對本系統、本地區行政事業單位資產清查工作的監督指導，及時上報資產清查工作進展情況。財政部將通過《行政事業資產管理簡報》等方式對全國資產清查工作進展情況及時予以通報，并組織監督檢查。
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