馬英九陷“特別費”風暴，民進黨想藉此“打馬救扁”，將“國務機要費”和“特別費”劃上等號，其實兩者性質不同，前者須實報實銷，后者可以有一半不須檢附單據。馬是否被起訴，得看檢察官用什么標準。
因為一位小組員的便宜行事，臺北市長馬英九陷入從政以來最大的政治風暴，“特別費”案越演越烈，民進黨見獵心喜，一天九場打馬記者會﹐想藉“打馬救扁”，操作“制度殺人”，將“國務機要費”和“特別費”劃上等號，若馬未遭起訴，深陷“國務機要費”弊案泥淖的陳水扁也能安然過關，若馬被起訴，更是“天下烏鴉一樣黑”。
雖然“國務機要費”和“特別費”都是供“政府首長”級支用的公費，但兩者性質完全不同。根據“總統府”的預算說明﹐“國務機要費”一年約新臺幣4800萬元(約合150萬美元)﹐是“國家元首”行使職權相關費用﹐包括政經建設訪視、軍事訪視、犒賞及獎助、招待與禮品致贈等�！笆组L特別費”的用途則相對籠統，只規定用在“因公招待、饋贈及犒賞所需”，至于如何用、何時用、額度多少，屬于“首長”的權限，外人無從置喙，但是支用的程序必須合法，并應接受“審計部”的查核。
“國務機要費”和“特別費”最大不同是報支方式﹐“國務機要費”須“實報實銷”，不能沒有單據﹐更不能以別人消費的單據(發票)不實核銷；“特別費”彈性較大﹐可以有一半不須檢附單據。
“國務機要費”屬于業務費，有特定科目，但“總統府”卻片面把“國務機要費”當做“首長特別費”的一種，同時比照“特別費”的支用規定，一半需單據，一半不需要�！皩徲嫴俊辈⒉徽J同這種做法。
“高檢署”查緝黑金行動中心檢察官陳瑞仁退一步，接受了“總統府”的說法，將“國務機要費”視為“總統特別費”，只就需要單據部分清查(“總統府”方面自己所提單據)，即查出有新臺幣1480萬的貪污事實，無單據部分根本沒查﹐若陳瑞仁“依法”處理，不知會爆出多少內情。
“國務機要費”和“特別費”案都牽扯到假發票核銷﹐差別在于前者無公務支出﹐后者則有實際支出。民進黨想魚目混珠，意圖將馬英九抹成跟陳水扁一樣黑的烏鴉。臺北市“法規會”主委陳清秀強調，“國務機要費”案是陳水扁借用他人發票來冒領公款，實質產生損失，因此，涉及貪污、瀆職、及偽造文書；馬英九“特別費”案則是以消費的大面額發票取代瑣碎的小額發票﹐目的是為了簡化行政，屬于程序上的“瑕疵”，但承辦的市府秘書處組員余文也有偽造文書之嫌。
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