中新網6月5日電 臺“國安會”4日發出的新聞稿稱，兩名“國安會”副秘書長張旭成與蔡明憲將要離職，但是“國安會”秘書長邱義仁仍然留任，“總統府秘書長”陳唐山則強調，邱義仁不會離職。
據臺灣媒體報道，在陳水扁的左右手馬永成和林錦昌請辭后，無論藍營還是綠營，都有強烈的要求，希望陳水扁將他的“謀臣”──“國安會”秘書長邱義仁撤掉，不過，陳水扁最后還是決定將其留任，只對兩名“國安會”副秘書長下手。
據了解，在過去幾次島內的大型選舉中，臺“國安會”都被指責涉入選舉，陳水扁在這次對“國安會”革新中，就要求其政務官職人員中具民進黨籍者，必須“沒有個人意見”，不得涉入任何黨務運作。但國民黨中央政策會執行長曾永權說，不撤邱義仁，感覺不到陳水扁自省、革新。親民黨方面也堅持非撤邱義仁不可。
