重慶地下、地表資源豐富，組合條件較好，利用價值高，開發潛力大，是我國自然資源富集地區之一。市域植物資源豐富，6000多種各類植物中，有被稱植物"活化石"的桫欏、水杉、禿杉、銀杉、珙桐等珍稀樹種，森林覆蓋率20.49%。僅號稱"川東小峨嵋"的縉云山，亞熱帶樹木就達1700多種，至今還保留著1.6億年以前的"活化石"水杉及伯樂樹、飛蛾樹等世界罕見的珍稀植物。國家級自然保護和名勝區南川金佛山，植物種類達333科5880種，有銀杉、方竹、銀杏、大茶樹、人參等珍稀植物52種，有黑葉猴、金錢豹等國家級保護動物36種；江津四面山有1500多種植物和207種動物，國家重點保護動植物47種，珍稀動物23種。重慶藥用植物資源極其豐富，是全國重要的中藥材產地之一，大面積山區生長的野生和人工培植的中藥材有2000余種，主要有黃連、白術、金銀花、黨參、貝母、天麻、厚樸、黃桕、杜仲、元胡、當歸等，石柱土家族自治縣黃連產量居全國第一，是著名的"黃連之鄉"。全市有栽培植物560多種，主要是水稻、玉米、小麥、紅薯四大類，尤以水稻居首。除糧、油、蔬菜等農作物外，還有油菜、花生、油桐、烏桕、茶葉、蠶桑、黃紅麻、烤煙等名優經濟作物，有"柑桔之鄉"、"油桐之鄉"、"烏桕之鄉"的稱號。黔江有生產云貴型優質烤煙的氣候和地理條件，被譽為"烤煙之鄉"；涪陵榨菜譽滿全國，是著名的"榨菜之鄉"。果樹作物主要有柑桔、甜橙、柚、桃、李等，尤以柑桔最具盛名。域內各類動物資源600余種，有金絲猴、華南虎、蜂猴、黑鸛等近100種國家重點珍稀保護動物；40余種畜禽類動物中，榮昌豬為全國三大豬種之首，有"華夏國寶"之稱；石柱土家族自治縣為全國最大的長毛兔生產基地。
重慶是全國大中城市中礦產資源最富集的地區之一。已發現礦產75種，初步探明的礦產40多種，探明礦藏產地353處，儲量礦產潛在價值3882億元。優勢礦產有煤、天然氣、錳、汞、鋁、鍶等。西南鋁業集團煤探明儲量33億噸，是我國南方煤炭生產的重要基地。天然氣探明儲量3200億立方米，其中墊江臥龍河氣田開采量居全國第一。鍶礦是重慶最具特色的優勢礦種，儲量和質量均居全國之首。錳礦探明儲量3700萬噸，居全國第二。釩、鉬、鋇儲量居全國第三。分布在秀山、酉陽的汞礦是全國罕見的特大型礦床，已探明儲量1.9萬噸。此外還有巖鹽、重晶石、瑩石、石灰石、硅等非金屬礦產。
重慶境內江河縱橫，水網密布，水能蘊藏量巨大，極具開發潛力。以600余公里長江干流為線，匯集嘉陵江、渠江、涪江、烏江、大寧河等五大支流及上百條小河流。年平均水資源總量在5000億立方米左右，每平方公里水面積全國第一，水能資源理論蘊藏量為1438.28萬千瓦，可開發量750萬千瓦，全市每平方公里擁有可開發水電總裝機容量是全國平均數的3倍，水能資源開發量在全國城市中名列前茅。此外，還有豐富的地下熱能和飲用礦泉水，開發潛力巨大。
