(四)保護生態環境，提高生態安全保障水平。
以促進人與自然和諧為目標，以生態功能區劃分為基礎，以控制不合理的資源開發活動為重點，堅持保護優先，自然修復為主，力爭使生態環境惡化趨勢得到基本遏制。
1.編制全國生態功能區劃。
在全國生態環境現狀調查的基礎上，依據生態環境敏感性和生態功能重要性編制全國生態功能區劃，科學確定不同區域主導生態功能類型，劃定對國家生態安全具有重要意義的重點生態功能保護區，指導生態保護工作，為實施環境保護分類管理提供科學依據，并與全國主體功能區劃規劃銜接協調。
2.啟動重點生態功能保護區工作。
明確重點生態功能保護區的范圍、主導功能和發展方向，按照限制開發區的要求，探索建立生態功能保護區的評價指標體系、管理機制、績效評估機制和生態補償機制。提高重點生態功能保護區的管護能力。
3.提高自然保護區的建設質量。
進一步完善自然保護區體系，基本建成類型齊全的自然保護區網絡，使95%以上的典型自然生態系統類型、國家重點保護野生動植物物種及重要自然遺跡劃入自然保護區保護范圍。實現自然保護區建設由重數量向重質量轉變，提高自然保護區的管護能力與建設水平。制定自然保護區規范化建設標準，按照相關規劃繼續推進自然保護區建設。90%以上自然保護區有健全的管理機構。初步建成全國自然保護區監測網絡和綜合信息平臺。
4.加強物種資源保護和安全管理。
開展物種資源調查。建設物種資源的數據庫、種質庫和基因庫。建設物種資源就地、遷地和離體保護設施。建立物種資源進出口查驗制度，強化外來物種和轉基因生物體的生態影響監控、安全防治和應急機制。開展物種資源保護的宣傳教育，提高公民保護物種資源的意識。
5.加強開發建設活動的環境監管。
堅持保護優先、開發有序的原則，抓好長江上游等流域的水利開發、黃土高原能源礦產開發、東北黑土地開發等重點開發規劃和項目的環境影響評價，有效控制開發建設中的水土流失。加大生態保護執法力度，打擊破壞生態的違法活動。
加快建立礦山環境恢復保證金制度。推進礦山環境治理，促進新老礦山及資源枯竭型城市的生態恢復。強化旅游開發活動的環境保護，加大對旅游區環境污染和生態破壞情況的檢查力度，重點加強對生態敏感區域旅游開發項目的環境監管，開展生態旅游試點示范。
(五)整治農村環境，促進社會主義新農村建設。
按照“生產發展、生活寬裕、鄉風文明、村容整潔、管理民主”的社會主義新農村建設要求，實施農村小康環保行動計劃，開展農村環境綜合整治，加強土壤污染防治，控制農業面源污染，發展生態農業，優化農業增長方式。
1.重點防治土壤污染。
開展全國土壤污染現狀調查，建立土壤環境質量評價和監測制度，開展污染土壤修復示范。搬遷企業必須做好原廠址土壤修復工作，對持久性有機污染物和重金屬污染超標耕地實行綜合治理；污染嚴重且難以修復的耕地應依法調整用途。嚴格控制主要糧食產地和菜籃子基地的污水灌溉，加大對菜籃子基地的環境管理。
2.開展農村環境綜合整治。
推動編制農村環境綜合整治規劃。開展農村改水、改廁工作，改善農村環境衛生條件；生活垃圾實現定點存放、統一收集、定時清理、集中處理；采取分散或相對集中、生物或土地等多種處理方式，因地制宜推進鄉鎮生活污水處理；結合舊村改造、新村建設，美化村莊環境，改善村容村貌。完成1萬個行政村的環境綜合整治，建設2000個環境優美鄉鎮。加大農村企業污染監管和治理力度，禁止工業固體廢物、危險廢物、城鎮垃圾及其他污染物向農村轉移。
3.防治農村面源污染。
開展小流域綜合治理，控制水土流失。開展農村面源污染綜合治理的試點、示范。推廣科學施用農藥、化肥，提高農藥、化肥利用效率。推動綠色食品和有機食品基地建設，大力發展節水農業和生態農業。推廣農業資源節約和綜合利用，大力發展農業循環經濟。以沼氣建設為紐帶，合理利用秸稈資源，加強集中式畜禽養殖場污水、糞便綜合利用和處理，提高農戶沼氣普及率。
(六)加強海洋環境保護，重點控制近岸海域污染和生態破壞。
以削減陸源污染物排放為重點，以重點海域污染治理為突破口，加強海洋生態保護，提高海洋環境災害應急能力，改善海洋生態系統服務功能。
1.努力削減陸源污染物入海量。
強化直接排海工業點源控制和管理，確保穩定達標排放。加快沿海城市污水處理廠和垃圾處理場的建設。強化對污泥和垃圾滲濾液的處置，防止產生二次污染，繼續在沿海地區深入開展禁磷工作。
2.加快重點海域污染治理。
深入開展渤海碧海行動，力爭渤海水質有明顯改善。加快編制并實施長江口及毗鄰海域、珠江口及其海域污染治理規劃。以重點海域污染治理帶動海洋環境保護。
3.防治港口和船舶污染。
制定并實施船舶污染治理技術政策和治理規劃，針對各類船舶，分別提出安裝污水處理設施和垃圾回收設施的技術要求和時限。到2010年，大中型海港都要建設船舶油類、化學品、垃圾、生活污水回收、轉運設施。港口和船舶污水、垃圾處理設施建設要納入城市污水、垃圾處理設施建設規劃。加強對海洋傾廢的監督管理。
4.保護海洋生態環境。
以近岸海域為重點，加強海洋生態環境修復與保護。嚴格保護、合理利用岸線、灘涂資源，禁止不合理開發活動，防止灘涂及海水養殖造成的污染。推進海岸防護林建設，恢復和保護濱海濕地、紅樹林、珊瑚礁等典型海洋生態系統，建設一批海洋自然保護區。開展重點海域生物多樣性普查，查清外來物種入侵現狀，對引進外來海洋生物物種實行嚴格管理。
5.防治海洋環境災害。
建立跨部門的海上溢油監測與應急體系，提高海上溢油事故快速反應和處置能力。相關涉海部門和所有沿海城市、港口都要制訂溢油應急預案。完善赤潮監測系統，提高早期預警能力，規范赤潮信息管理，建立赤潮災害應急響應機制，盡可能減少赤潮造成的損失。
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