司法賠償作為國家賠償的重要組成部分，其賠償決定程序既不是審判程序，也不是行政程序，而是一個獨特的介于兩者之間的程序，由法院國家賠償委員會以決定的方式進行。
有關專家認為，這種不倫不類的非訴訟程序嚴重影響案件質量，應在司法賠償審理中推行合議制，才能更好地保障當事人合法權益。
國家行政學院法學部副主任楊小軍教授指出，雖然同屬國家賠償，但司法賠償與行政賠償適用的程序不同，司法賠償的決定程序，沒有具體規定，沒有細則，沒有標準。決定程序不公開、不質證、不辯論，一裁定終局，既非行政程序又非訴訟程序，不倫不類。當事人不服、不信、不履行，也無從救濟。
重慶市高級人民法院國家賠償辦副主任洪其亞說，根據《國家賠償法》的規定，國家賠償案件應由賠償委員會審理，賠償辦公室只是委員會的工作機構，無權直接審理和決定案件。長期以來，在司法賠償的審判方式上，賠償委員會只判不審，賠償辦只審不判，審理和決定環節分離，束縛了審判人員的手腳，也制約了并在一定程度上影響了司法賠償審判工作的開展。
《瞭望》新聞周刊了解到，2005年，最高人民法院明確提出，賠償辦是一個審判業務部門，審理案件時應當組成合議庭。把國家賠償案件由《國家賠償法》規定的賠償委員會審理，改革為由合議庭審理為主的模式。
這在《國家賠償法》沒有正式修改的情況下，提出了一個大膽的改革創新模式。但具體如何操作，最高人民法院沒有作出相應的規定。
遼寧省高級人民法院賠償辦主任趙英偉說，審理司法賠償案件以合議制進行，既有助于提高辦案質量，又能在保證賠償委員會行使決定權的基礎上提高審判效率。司法賠償和行政賠償都屬于國家賠償，行政賠償部分，《國家賠償法》規定了合議庭審理的模式；司法賠償部分，《國家賠償法》雖然規定的是賠償委員會審理案件用決定的方式進行，但也沒有賠償辦不能組成合議庭先行審查的禁止性規定。因此，司法賠償可參照行政賠償執行。
有關專家認為，司法賠償審理中引入合議制，是在《國家賠償法》原則和精神內的合理拓展，理論上不產生障礙，審判實踐中切實可行。在具體操作上，可由賠償委員會授權合議庭審理國家賠償案件。合議庭的權限，可把握在對評論意見一致或者形成多數人意見一致的案件直接以賠償委員會的名義作出決定，由賠償委員會主任審定簽發。但是對于疑難、復雜等重大或者新類型案件，合議庭仍應提請賠償委員會主任提交賠償委員會審理決定。
對于合議庭的審理方式，根據最高人民法院的規定，開庭審理是合議庭審理案件的主要方式。這些專家認為，考慮到司法賠償案件與訴訟案件相比所具有的特殊性，合議庭審理該類案件，宜暫不采取開庭審理的方式進行。主要基于：《國家賠償法》在程序上不完善、不具體，以合議庭審理該類案件尚屬于起步階段，若實行開庭審理方式，操作起來相當困難，時機也不成熟�？梢源梢幎ㄍ晟坪蜅l件成熟后，再行開庭審理。對于案情復雜、爭議重大的案件，合議庭應當按行政訴訟的審理模式，參照行政訴訟的相關規定進行聽證。這樣既符合法律規定，又貫穿了司法改革思想，有利于提高工作效率。(記者 黃豁 范春生)
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